অতিরিক্ত জলসেচের ফলে নিম্নলিখিত বিপদগুলি ঘটতে পারে—
[1] উদ্ভিদের অক্সিজেনের অভাব: জলাবদ্ধ মাটিতে অক্সিজেনের পরিমাণ কম থাকায় উদ্ভিদ শিকড়ের সাহায্যে পর্যাপ্ত অক্সিজেন গ্রহণ করতে পারে না। ফলে উদ্ভিদের বৃদ্ধি বাধাপ্রাপ্ত হয়।
[2] উদ্ভিদের বিভিন্ন প্রকার রোগ সৃষ্টি: জলাবদ্ধ মাটিতে বিভিন্ন ধরনের ব্যাকটিরিয়া, জীবাণু ইত্যাদি সক্রিয় হওয়ার ফলে গাছের শিকড় পচে যায়। এ ছাড়া উদ্ভিদ দেহে নানা রকম ছত্রাকঘটিত রোগের সংক্রমণ ঘটে।
[3] বাক্ত বস্তুর সৃষ্টি: মাটিতে দীর্ঘকাল জল থাকলে নানা রকম বিষাক্ত পদার্থ, যেমন— হাইড্রোজেন, সালফাইড, ভোলাটাইল ফ্যাটি অ্যাসিড ইত্যাদি উৎপন্ন হয়।
[4] জমির উর্বরতা হ্রাস: জলসেচের সুবিধা নিয়ে বহু জমিতে সারাবছর চাষ করা হয়। অনেকসময় একই ফসল বারবার চাষ করা হয়। এর ফলে মাটির ভারসাম্য নষ্ট হয় এবং জমির স্বাভাবিক উর্বরতা কমতে থাকে।
[5] মাটির লবণতা বৃদ্ধি: অতিরিক্ত জলসেচের ফলে মাটির নীচের স্তর থেকে লবণ সেচের জলে দ্রবীভূত হয়ে মাটির ওপরের স্তরে এসে সঞ্চিত হয়। এভাবে মাটি লবণাক্ত হয়ে পড়ে।
[6] ডৌমজলতলের পতন: অতিরিক্ত জল তোলার ফলে মাটির নীচে ভৌমজল তলের পতন ঘটে। ফলে গ্রীষ্মকালে প্রয়োজনমতো জল পাওয়া যায় না।
এ ছাড়া অতিরিক্ত জলসেচের ফলে
[7] বাস্তুতন্ত্রের নানা রকম সমস্যা দেখা দিতে পারে,
[৪] জলবাহিত রোগের প্রকোপ বৃদ্ধি পেতে পারে এবং
[9] আর্সেনিক দূষণের সম্ভাবনা বাড়তে পারে।